很简单，就一句话：

能上传的目录全部不给脚本权限，有脚本权限的目录全部封死修改权限（不能上传）---很多虚拟主机都可以控制的。

清马：

有脚本权限的目录全部删除，重新上传。

中华人民共和国计算机信息系统安全保护条例
 (1994年2月18日中华人民共和国国务院令147号发布)   

第七条 任何组织或个人，不得利用计算机信息系统从事危害国家利益、集体利益和公民合法利益的活动，不得危害计算机信息系统的安全。
 中华人民共和国刑法
 点石论坛第二百八十六条 违反国家规定，对计算机信息系统功能进行删除、修改、增加、干扰，造成计算机信息系统不能正常运行，后果严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役,后果特别严重的，处五年以上有期徒刑。违反国家规定，对计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据和应用程序进行删除、修改、增加的操作，后果严重的，依照前款的规定处罚。